2次元 SMM fit

#!/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin/python

SCRIPT_TYPE="InstrumentalityOfMankind" 
SCRIPT_SHELL="python" 
SCRIPT_NAME="Fit_infile_.py"
SCRIPT_HELP_ARG=""
SCRIPT_HELP_SENTENCE=""
SCRIPT_NUM_ARG=0
SCRIPT_VERSION=1.0

###IMPORT###
import SMM
from scipy.optimize import leastsq 
from numpy import *
import sys

###HELP###
if len(sys.argv[1:])!=SCRIPT_NUM_ARG:
    print 'Name: '+SCRIPT_NAME
    print 'Arguments: '+SCRIPT_HELP_ARG
    print 'Explanation: '+SCRIPT_HELP_SENTENCE
    sys.exit()


###MAIN###
def SMM_norm_free(norm_nsc,norm_nsd,norm_gb,norm_gd):
    return lambda l,b: norm_nsc * SMM.SMM(l,b,'NSC') + norm_nsd * SMM.SMM(l,b,'NSD') +  norm_gb * SMM.SMM(l,b,'GB') + norm_gd * SMM.SMM(l,b,'GD')

def SMM_norm_free_array(param,l_array,b_array):
    res=[]
    num=0
    for l in l_array :
        b=b_array[num]
        res.append(SMM_norm_free(*param)(l,b))
        num+=1                
    return res

def fit_SMM_norm_free(param,l_array,b_array,sb_array,sb_err_array):
    errorfunction = lambda p: (array(SMM_norm_free_array(p,l_array,b_array))-array(sb_array))/sb_err_array
    p=leastsq(errorfunction,param,full_output=True)
    return p

def demo(para=[1.0,2.0,3.0,4.0],para0=[1.1,1.2,1.3,1.4]) :
    l_in=linspace(0.0,5.0,10)
    b_in=linspace(0.0,5.0,10)
    data = SMM_norm_free_array(para,l_in, b_in)
    data_err=0.001*array(data)
    param=fit_SMM_norm_free(para0,l_in,b_in,data,data_err)
    
    val=param[0]
    covar=param[1]
    val_err=[]
    for num in range(0,4):
        val_err.append((covar[num][num])**0.5)
    
    print val,val_err
    

def fit_SMM_indata(infile):
    para0=(1.0,1.0,1.0,1.0)
    data=loadtxt(infile)
    l_in=data[:,0]
    b_in=data[:,1]
    sb_in=data[:,2]
    sb_in_err=data[:,3]
    param=fit_SMM_norm_free(para0,l_in,b_in,sb_in,sb_in_err)
    
    
    val=param[0]
    covar=param[1]
    val_err=[]
    for num in range(0,4):
        val_err.append((covar[num][num])**0.5)
    
    print val,val_err



fit_SMM_indata(str(sys.argv[1]))

各XIS (0,1,3) とHXDのNormが食い違う理由

XISとHXDのNormが食い違う理由についての考察?のようなもの。
後輩から質問を受けたのでまとめた。
間違えているかもしれないので注意。指摘していただけると助かります。


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以下、簡単に各XIS (0,1,3) とHXDのNormが食い違う理由になりうる較正上の
不定性について簡単に書いておきます。

1. XISのnon-X-ray backgroundの不定性
宇宙線由来のバックグラウンドは観測（衛星軌道）毎・検出器毎、更に検出器上の
場所毎に異なります。XIS 0,1,3間のnormalizationが観測毎に異なるのは主にこのNXBの
揺らぎによる筈です。暗い天体のハードな帯域 (5-10 keVあたり) のfluxはこの不
定性の影響を大きく受けます。 BGを視野内の暗い所から引くという解析では、
この不定性の影響が大きくなります。 xisnxbgenというftoolを使い、「(1) SRCとBG
の領域毎にNXBのスペクトルを作り、(2) SRCとBGの各々NXBを差し引いた上で更に
SRCからBGを引く」といったことを行えば、NXBの不定性は小さくなりますが少し
統計誤差が大きくなります。

2. XISのcontaminationの較正の不定性
XISには可視光遮断フィルターがついていますが、この表面にX線を吸収してしまう汚染
物質（ゴム等からアウトガス）が付着しつつあることが知られています。この汚染物質は
観測時期が進むにつれ増加しており、検出器毎、更に検出器上の場所毎に異なります。
この汚染物質量の較正の不定性はXIS 0,1,3間のnormalizationが異なる原因になります。
ソフトな帯域 (0.5-2 keVあたり) のfluxはこの不定性の影響を大きく受けます。


3. XRTの望遠鏡の較正の不定性
XRTの有効面積レスポンス (arf) を計算するモンテカルロシミュレーション
 (xissimarfgen) 内では設計図どおりの理想的な望遠鏡の形状が仮定されてい
ます。しかし、実際には打ち上げ (+経年劣化?) によりXRTの形状がいくらか変化し
ていることが分かっており、XIS 0,1,3間、およびPINとのnormalizationの
食い違いの原因になります。この不定性はXIS 0,1,3で異なり、更に光軸（視野）
中心から離れるにつれて大きくなります。

4. 衛星の姿勢の揺れの不定性
観測中に「すざく」衛星の姿勢が揺れ、それが補正できないために天体が
光軸中心からずれてしまい、有効面積の見積もりを間違えてしまうことが
わかっています。XIS 0,1,3間、およびPINとのnormalizationの食い違いの
原因になります。この不定性は光軸（視野）中心から離れるにつれて大き
くなります。これまで割と良く補正されていたのですが、最近になってまた
姿勢の揺れが問題になりつつあるようです。aeattcor2というftoolを使うと少し
改善されるかもしれません。

FinderからFitsイメージをSnow Leopard用ds9 v6.2 X11で左クリックで開けるようにする

v6.1のaqua版を使え、というツッコミは正論すぎるので却下。
v6.1 aquaは何か不具合が生じたのでv6.2を使う。

1.  Automaterで「アプリケーション」を作成。
2.「シェルスクリプトを実行」をドラック＆ドロップ
3.  以下みたいな感じ。-fileを付けないでうまく行かず詰まっていた。

4. 保存してApplicationフォルダに突っ込む。
（4+. できたAppを右クリックで「情報」を見て、一番上のアイコンのところにAqua版の”Appそのもの”をドラック＆ドロップするとアイコンを変えることができる）
5. Fitsイメージを右クリックして関連付けを変更

Declination angleとEuler angle2の関係

いつもいつも忘れるが
EA2=90°-Dec